Em 1999, Antonio Pereira realizava mais um grande sonho: construía, às margens da BR-010, o seu CT (o CT Pereirão), onde o Marília passaria a disputar todas as competições. Consequentemente, aconteceu o início da escolinha, denominada Centro de Formação de Atletas, orientada por professores competentes nas inúmeras categorias que fazem do Marília hoje um das grandes potências do futebol do Maranhão.
Hoje, a cidade de Imperatriz orgulha-se de possuir um time profissional e que já fez muitas histórias no futebol amador, contudo o maior orgulho do seu presidente é o CFA (Centro de Formação de Atletas), que hoje é um cartão postal.
Nesses 26 anos de história do Marília, vários atletas brilharam com a camisa azulina, como Joel, Geovane, Xaxado, Preguinho, Lindoval, Capacete, Dênis, Aelson, Eder, Kemps, Kilzzer, Adenízio, Jailton, Anderson, Zé Filho, Poliano, André, Clayton, e os atletas que fecharam com chave de ouro a participação do Azulão como equipe amadora e conquistaram o heptacampeonato imperatrizense, os quais são: Patrick, Laércio, Ederilson, Rômulo, Jocion, Marraquete, Juninho, Mico e Elemilton.
Títulos no futebol amador
• Heptacampeão amador de Imperatriz (1997/1998/1999/2000/2002/2006/2007)
• Campeão da Copa Mirante do Sul do Maranhão (2001)
• Campeão amador 2ª divisão de Imperatriz (1987 – primeiro título da história do clube)
Profissionalização
No dia 22 de novembro de 2007, o Marília Futebol Clube anunciou a sua profissionalização. Este foi um presente de aniversário que o clube deu aos seus torcedores e, com isso, o projeto do Azulão passou a visar o crescimento e fortalecimento nas divisões de base, que hoje é uma grande potência do futebol maranhense.
Copa São Paulo
O Marília já participou de duas edições da Copa São Paulo de Futebol Júnior. A primeira foi em 2008, quando teve uma excelente campanha, ficando em 22º na colocação geral, desbancando grandes equipes do futebol brasileiro.
Na segunda participação, em 2010, a equipe não repetiu o sucesso, mas fez boas exibições e revelou atletas como Danilo, Elbis e Fernando.
Em 2011, o Azulão estará novamente na Copinha, só que desta vez representando a equipe do Itabuna, da Bahia, em parceria feita entre os dirigentes das duas equipes.
Profissionais
Hoje, o Marília conta com grandes profissionais que desenvolvem os seus trabalhos dentro do clube. Treinadores de grande potencial, como Evandro Guimarães (sub-18), Jairo Nascimento e Jacó Nogueira, das divisões de base (sub-10, sub-12, sub-14 e sub-16), preparador físico, preparador de goleiros, massagistas, roupeiros e diretores competentes que fazem o máximo pelo clube. O Azulão possui toda uma estrutura que vem a dar suporte para que o clube possa chegar às conquistas.
CT Pereirão
O CT Pereirão, que é o (Centro de Treinamentos do Marília Futebol Clube), foi inaugurado em 5 de agosto de 1999, em um amistoso do amador do Azulão contra o time do Tiradentes, vencido pelo Marília pelo placar de 1 a 0, com o gol do melhor camisa 10 do Marília de todos os tempos - o meia Xaxado.
